Strukturní biologie
Vedoucí laboratoře: Petr Kolenko
Vlastní stránky: people.fjfi.cvut.cz/kolenpe1
Doktorandi: Leona Švecová, Martin Malý
Členové: Aleš Kravic, Jakub Hrubý, Karolína Špeldová
Správa SW a HW: Martin Dráb
Bývalí členové: Jan Stránský, Viktorie Navarová
- Oblasti výzkumu
- Experimentální zázemí
- Zajišťované předměty
- Řešené projekty
Oblasti výzkumu
Makromolekulární krystalografie, využití synchrotronového záření ve strukturní analýze, vývoj biotechnologií pro průmyslové aplikace, návrhy léčiv.
Výzkumná činnost Laboratoře strukturní biologie (založena 2016) je zaměřena především na využití synchrotronového záření ve strukturní biologii, tj. strukturní analýze biologických makromolekul. Monokrystalová rentgenová difrakce představuje dominantní metodiku určování struktur. Naše cílové molekuly jsou většinou enzymy pro biotechnologické aplikace. Dalšími obory našeho zájmu jsou imunologie, návrhy léčiv a potravinářský průmysl.
Naše projekty a úspěchy jsou výsledkem úzké spolupráce tuzemské (především BIOCEV – Biotechnologické a biomedicínské centrum Akademie věd a Univerzity Karlovy ve Vestci) a zahraniční (především Helmholz Zentrum Berlin, DESY Hamburg, OPPF Harwell Oxford).
Experimentální zázemí
Valnou většinu experimentů provádíme na zdrojích synchrotronového záření (Bessy II – HZB Berlín; PetraIII – Hamburg). Laboratoř nedisponuje žádným vlastním experimentálním vybavením. Úzká spolupráce s Centrem molekulární struktury výzkumného centra BIOCEV (www.biocev.eu) zajišťuje dostupnost nejnovějších technologií krystalizace makromolekul a konvenčních zdrojů rentgenového záření (Bruker – D8 Venture).
Difrakční data zpracováváme pomocí výpočetního klastru sdíleného s KM FJFI ČVUT.
Základní software:
CCP4, PHENIX, XDS, SHELX, PYMOL a další.
Zajišťované předměty
Bakalářský program
- 11SFBM – Struktura a funkce biologických molekul
Magisterský program
- 11DMSB – Difrakční metody strukturní biologie
- 11PMK2 – Praktikum strukturní biologie 1
- 11PMK1 – Praktikum strukturní biologie 2
Řešené projekty
SGS16/246/OHK4/3T/14 – Strukturní studie biotechnologických enzymů
